生物学実験プロトコルの記述と自動化

プロトコルのマークアップ

• 利点
  • 実験時間の自動見積もり
  • 実験スケジュールの自動構築
• 欠点
  • human readability は少し下がる (MLなら読めはするけど)
  • 一度構築するまでがめんどくさい

バイオ実験の特徴

• 特徴
  • 木構造で表現するならDAGになるはず
    • というか、木構造に必ずしもならない(分岐と合流)
    • 単純なstep by stepでは表現が不十分 (“and"条件があるから)

私がとりあえずしたいこと

• 実験時間をささっと自動で出す

• 実操作時間が知りたい

  • 並行で実験を仕掛けるのにとても重要
  • 待たなきゃいけない時間と待てる時間
  • 階層

• 木構造をどうやって表現するんだ？

必要なもの・抽象度

high level

• フローチャート、PERT、ガントチャート
• 手続きの自然言語記述 (入れる試薬量、操作{vortex or inversion}などなど)
• ML
• より低レベル言語

low level

MLを基本にしてフローチャートを自動生成？
MLで操作とかも全部記述？

実装

• mergaid.js
• D3.js

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