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ぱんだのびぼーろく

わたしの備忘録、生物学とプログラミングが多いかも

AWS(クラウド)で手軽にwebアプリを作る

概要 webアプリ(ブラウザで動くアプリ)を思いついた、作ろう。 ブラウザで全部の処理させるのって、すごい大変そう。 サーバーを借りて色々する…のかな、難しそう。 →クラウド(AWS)で手軽にwebアプリが作れる! 具体的に アマゾン ウェブサービス / AWSを使…

顕微鏡のスキャン形式

蛍光画像を取得する際、xy(z)方向の情報をいかにして取得するか 平面取得 面全体を励起し、面全体から蛍光を検出するタイプ. 要はカメラ. z軸の空間分解能を上げる手法としてLight sheet microscopyが近年注目. ポイントスキャン 試料面の1点からのみ光を検…

レンズとは何だ

レンズとは何か 光曲げるもんでね? 光を曲げる: プリズムでも曲がるし鏡でも曲がる. 材質とか? レンズにも色々あるしなぁ ... じゃあ何? レンズは 光を収束/発散させるもの だったんだよ!!(な、なんだってー!) レンズ - Wikipedia http://www.tagen.to…

神経系のメジャーな論文誌

ジャーナルのリスト, ただし神経系専門誌 Nat.NeuroSci. Neuron NeuroSci. Neurophys Europian J. NeuroSci. Fronter of Neurosci. Neuroscience Neurology

Amazonの意思決定 -タイプ1とタイプ2-

原文? letter 日本語なら 第一種の意思決定 第二種の意思決定 とかになるのかね? a common trap is "one-size-fits-all" decision-making. Type 1 decisions," he wrote, are those that are "consequential and irreversible or nearly irreversible — on…

Node.jsとAWS Elastic Beanstalk

パッケージのインストール package.jsonのdependencyに書いておけばEB側で勝手にインストール、すごいぞEB package.json ファイルがある場合は、Elastic Beanstalk では依存関係をインストールするために npm install が実行されます。 link アプリの起動 特…

プログラミングにおける日時

Date & time の扱いは非常に重要かつ面倒くさい. 簡単にまとめてみた。 日時を規定する取り決め グリニッジ標準時 イギリスのグリニッジ天文台を時間の標準にしよう、的な時間. G. M. T. とも. 中学校で習ったと思う. 世界標準時/UTC GMTとだいたい同じだが…

Node.js HTTPモジュールでrequestを投げる

Node.jsのHTTPモジュールはHTTPに関わるクラス・メソッドを定義している. HTTPはサーバーとクライアント側に仕事が二分されるが、今回はそのクライアント側について. リクエストの送信 requestの設定〜送信完了 HTTP.request(options, response_handler) # H…

OANDA Japan REST APIまとめ

概要 公式, なんにせよコレが1番わかりやすい www.oanda.jp 概要の軽いまとめ yuji-ueda.hatenadiary.jp 簡単な紹介からレート取得、よさげ unageanu.hatenablog.com レート取得してみた的な futurismo.biz なぜかUnityで利用, Unityてなんの言語エンジンで…

javascriptと最大値 ver. 2016 - オブジェクトの配列も -

Math.max()が基本 最近増えた便利記法: スプレッド演算子 (...) Math.max() 引数の最大値を返します. 引数: 数字 (カンマ区切り, 配列不可) Math.max(1,2,4,7,3) == 7 配列の最大値 新しい方法 スプレッド演算子 (...) を利用. ES6から登場したスプレッド演…

SBI FXトレード

split: US$ JP\ 0.3銭くらい? 口座管理手数料: 無料 手数料: 無料 取引単位: 1通貨単位以上~ ロスカット: 証拠金維持率 50% 入金額: 最低入金額の制限はございません 入金手数料: 5,000円 ~ クイック入金で無料、みずほOK 出金額: 出金手数料: 2,000円以上…

非ブラウザJavascript実行環境

Javascriptはブラウザで動く、が、それ以外でも動く. なんじゃそら?という人用に、簡単に説明すると、 Javascriptは 1+1=2 的な、ブラウザのアニメーションとは無関係な機能もあるし、それにはブラウザ必要ないよね ということ。正確に言うなら、ブラウザっ…

d3-selection version4

D3js v4でSelectionsは変わりました! もはやarrayではない Selections no longer subclass Array using prototype chain injection; they are now plain objects, improving performance. ref. .data()は全部返します When called in getter mode, selectio…

データの更新・遷移・引き出し/D3.js

データの更新 Data(data, key)のkey指定を利用 nebuta.hatenablog.com データの遷移 transition treeの遷移 Interactive d3.js tree diagram - bl.ocks.org データの引き出し data() 引数無しでselectionの第1groupからjoinされたdatum配列を返してくれる. h…

ファイル操作 / PowerShell

こっちみれば十分 codezine.jp ディレクトリの操作 ディレクトリの変更 ファイルの操作 新規ファイルの作成 空っぽのファイル New-Item 中身アリのファイル

有向非循環グラフの可視化

概要 有向非循環グラフの可視化(visualization)について手法と記事のまとめ。 有向非循環グラフ Directed Acyclic Graph architecture topolodical sort layer assignment vertex ordering within layers median vertex positioning within layers Sugiyama …

zebrafish 3D

engertlab.fas.harvard.edu ViBE-Z ViBE-Z: The Virtual Brain Explorer for Zebrafish Brain Browser Brain Browser - Burgess Lab: Unit on Behavioral Genetics - science@NICHD IDL VM のdownloadが必要.

ゼブラフィッシュ胚への遺伝子導入

概要 ゼブラフィッシュ胚へのマイクロインジェクションによるトランスジェニックゼブラフィッシュ作成を概観する。 基本的に有用な文献へのリンクで構成する。 とてもシンプルな文献 入門資料として非常によい. 知識0でも読める 動画 m.youtube.com 詳細プロ…

ヒトの3Dモデルを歩かせる

概要 目的 既存のヒト3Dモデルを歩かせる ヒトの3Dモデルを改造した上で歩かせる 前提 blenderを使う blender以外も使う (Unityとか) 3Dモデルほぼ素人, blenderで遊んだことがある 情報収集 ばっちりあった cgi.tutsplus.com どうもリグなる物が鍵のよう cg…

膜電位プローブ

ジャンル分け chemical DiO-DPA GEVI Ace-mNeon, 2015 link FRET-opsin mouse & fly in vivo Mac-mOrange, Mac-mCitrine 2014 link FRET-opsin slice QuasAr2-palette 2014 link FRET-opsin (eFRET) culture ASAP1 2014 link Ci-VSD/P & cpGFP slice ArcLigh…

教授へ研究テーマを提案する

概要 動機と目的 動機: 自分が真に興味のある研究を自分の研究テーマとして行いたい 目的: 1. 研究計画の洗練 2. 研究計画を研究テーマとする 3. 研究計画書作成の訓練 方法 科研費 (あるいは学振特別研究員) の様式で研究テーマを研究計画へと練り上げる. …

EMGをDIY

見本 電極 表面電極と針電極があるが、今回は表面電極. 具体的な製品 * HV-3DPAD アンプ 増幅器/amplifier 微弱な電気活動を高いS/N比の中で増幅する必要がある. Q1. 微弱な電気活動、の具体的な大きさ 計装アンプ 計装(状態監視に関わる計測器とその実装に…

Node.jsとは

固いまとめ Node.jsとはJavaScript実行環境である。 Node.js® is a JavaScript runtime built on Chrome's V8 JavaScript engine. https://nodejs.org/en/ Node.jsはgoogle Chrome (webブラウザ)にも搭載されているV8エンジンを採用. Node.js自体は何の言語…

ゼブラフィッシュのin Vivoイメージング

Ca2+ imaging Vanessa Kassing et al.. "Monitoring of Single-Cell Responses in the Optic Tectum of Adult Zebrafish with Dextran-Coupled Calcium Dyes Delivered via Local Electroporation" journals.plos.org adultのゼブラにおけるconventional wid…

fictive locomotion

mouse, in Vivo "Fictive locomotion in the adult decerebrate and spinal mouse in vivo" DOI: 10.1113/jphysiol.2011.214643 One limitation to such investigations, however, is that the recording of the output of the CPG in mice has thus far bee…

相掛かり

最序盤の失敗 5手目 先手 2四歩

シェル, bashとは

まとめ わかりやすく言うと シェルとは、PCが元々持っている機能を使うための呪文. bashは呪文の一種で、Unix (Macの親戚) でよく使われる. 正確で端的にまとめると shell: OS (kernel) へのinterface, コマンドラインもGUIもあり得る. bash: shellの一種, U…

矢倉の囲い・攻め・崩しまとめ

矢倉崩し 棒銀 (銀+飛車+9九を狙う角) 超急戦棒銀 (銀+飛車+9九を狙う角+6筋歩突き捨て) 棒銀 (銀+飛車+8六を狙う角) 超急戦棒銀 (6筋歩突き捨て) 後手が強気で攻めると矢倉は組めなくなる. その場合両者囲い無しの激しい展開が続く. 受けのポイントは6筋突…

信号増幅/ 素子と回路

神経活動などの微小な電気を記録するには、それを増幅して解析機に取り込む必要がある. それを可能にする素子や回路やらとはどんなもんか 素子 トランジスタ 半導体 (Siなど) の特性を利用して作られた素子. 回路 オペアンプ トランジスタなどを組み合わせて…

探三郎/grepツール

概要 探三郎とは、複数ファイルにまたがった内容文字列の検索を可能にするフリーソフトウェアなのだ windowsでも使えるgrepソフトの模様、とても便利。 index機能があるため、検索が数秒で終わることもしばしば

強勢, sentence stress, 弱形, 英語

一つの文中で、強く読む単語と軽く読む単語がある。 この、文中での強調(強勢)は 文強勢/word stress と呼ばれる。 逆に言えば、強く強調しない、相対的に弱い単語もあるわけですな? そして大体どの文でも強調が置かれない、例えば to みたいな単語もあるわ…

正規分布

歴史 導出 確率密度関数 f(x)が f(x) = a * exp (bx2 + cx + d) を満たし、かつ、確率密度関数の要請たる ∮f(-∞ < x < ∞) = 1 f => 0 を満たせば正規分布になる。 導出はただの高校数学、条件を満たすようなa, b ...を導出し、平均と分散を計算してμとσにす…

webと3D

webにおける3D表現を扱う仕様・ライブラリについて 概要と詳細へのリンク X3D関連 X3D X3DOM webGL関連 webGL : webGLとは - ぱんだのびぼーろく openGL openGL ES Three.js webVR関連 webVR A-Frame 3D"モデル"に関わる仕様 どのような仕様・表記法で複雑な…

確率に基づく分類

確率に基づく分類/クラス分け/判別 確率に基づく分類とは これはXグループっぽいか、Yグループっぽいか、というそれっぽさ(確率)に基づく分類 それ当然じゃね? 分類としては当然っぽい 判断/ judgeと分類 それっぽいからXにする →確率に基づく判断(意思決定…

チェックボックス/ html5

input要素のtype="checkbox"で出来ます. 見本 checkbox これラベルつき、ここも押せるよ 仕様書 https://html.spec.whatwg.org/multipage/forms.html#checkbox-state-(type=checkbox) 属性 checkedで最初からcheckされている状態 イベント チェックされたら…

空間(数学)

wikipediaの記事があまりにも秀逸、感動した 空間 (数学) - Wikipedia

VRハードウェア

Oculus Lift Oculus社謹製、ハイエンドVR. Gear VR OculusとSumsungが組んで作ったやつ. スマホをディスプレイにしてセット、安い. tarepan.hatenablog.com PlayStation VR 2016 Q1-2に発売予定. PlayStation®VR | プレイステーション® オフィシャルサイト s…

立体音響

立体音響 - Wikipedia VRとの兼ね合いをkwsk VRと立体音響 www.pixela.co.jp vimeo.com www.buildinsider.net iq.intel.co.jp

Gear VRとは。2015/12

Gear VRとは VR(Virtual Reality)のためのデバイス. Samsungの製品であり、Oculus riftで有名なOculus社が協力. Samdung製スマートフォンをGear VRに装着し、出力機器として利用する. バージョン 2015/11-12にversion 3が発売. 自作アプリとの関係 webでのVR…

HTML5でのvideo(動画)まとめ

videoタグ ほぼ全てのブラウザで対応. http://caniuse.com/#feat=video attributesで代表的なものは src loop autoplay 例. <video src="video1.mp4" > </video> video要素 仕様書 https://html.spec.whatwg.org/multipage/embedded-content.html#the-video-element 動画フォーマット 色々もめ…

F-35

本記事の目的 自分用まとめ. 注意事項 ソースはWikipedia() まとめ 第5世代戦闘機の一種. アメリカが主導する国際共同開発戦闘機. 戦闘機としてはマルチロール機. 各国の多種多様な戦闘機をF-35(A,B,C)で置き換える野心的なプロジェクト. fighter, attacker(…

Promiseとresolve関数

Promiseコンストラクタには、<<非同期処理を書いた関数>>(executor)を引数として渡します. executor関数はresolve, rejectと呼ばれる2つの関数を引数として取ります. executor内で、非同期処理が終わった後にresolve(value)を呼ぶとthenのonfulfilled関数が…

ECMAScript Language Specificationの読み方

内部関数、内部スロット http://www.ecma-international.org/ecma-262/6.0/#sec-object-internal-methods-and-internal-slots 仕様書内ではAPI(ECMAScriptを書くときに使うobject, methodsなど)のほかに、仕様書内で使われる処理をinternal methodsとして表…

transitions/d3js

selection.transition() あるselectionに対してtransitionsを適用可能にするmethods. 返り値はselectionの特別なタイプ. Starts a transition for the current selection. Transitions behave much like selections, except operators animate smoothly over…

卓越研究員とテニュアトラックの関係

特にこのページについて、内容の保証はしません。 けど、できる限り根拠を示していきます。 現在の研究員雇用に関わる問題点 シニアの低い流動性 若手の不安定な立ち位置 人事の不透明性からくる種々の問題 テニュアトラック 機関による公募 試用期間内の任…

suface pro (1)で新型タイプカバー4を使う

まとめ surface pro 4タイプカバーはsurface pro(1 == 初代)で__. 目標 新型のsurface pro 4タイプカバーを年寄りのsurface pro 1(初代)で使う. 公式アナウンス Surface Pro 4, Surface Pro 3と互換性があります Surface タイプ カバー - 仕事をこなすノート…

webGLとは

wise9 › WebGLとはなんなのか、ゲーム好きの大学生に説明してみる webGL 1.0 WebGL is designed as a rendering context for the HTML Canvas element. The HTML Canvas provides a destination for programmatic rendering in web pages, and allows for pe…

webと3Dモデル・アニメーション・ゲーム

webGL 基幹技術 WebGL - OpenGL ES 2.0 for the Web sketchfab 3Dモデル公開サイト&web viewer. webGLを基盤技術として、 各種3Dモデリングソフトのデータ→webGL を実現. 他のサイトに貼り込める3D viewer(ぐりぐり回したりできる)が凄い. Sketchfab - The p…

中脳歩行誘発野/MLR

中脳歩行誘発野/ mesencephalic locomotor region/ MLR カンデル神経科学 fifth edition p.810 review www.ncbi.nlm.nih.gov Chapter 4 - Supraspinal control of locomotion: The mesencephalic locomotor region optogeneticsによるin vivoマウスMLR刺激 I…

W3C DOM関連文書の年表

W3C standardsの策定年と依存関係 このサイトはよくまとまってる感じ. このサイトはとても詳しい. 以下は自分がW3CとWHATWGのspecificationをみてまとめたもの. DOM DOM3 core 正式名称: Document Object Model (DOM) Level 3 Core status: W3C Recommendati…